In den 90er-Jahren wurden die Ausbildungsinstitutionen für Lehrerinnen und Lehrer schweizweit in den tertiären Sektor, d.h. an die Hochschulen verlegt. Diese Bewegung entstand aus einem Bedürfnis nach Harmonisierung der Ausbildung auf nationaler Ebene sowie aus dem Bestreben, das Niveau der Allgemeinbildung der Lehrerinnen und Lehrer anzuheben.

Die Schweizerische Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren (EDK) tat 1993 durch die Herausgabe der Thesen zur Entwicklung Pädagogischer Hochschulen und durch die am 26. Oktober 1995 verabschiedeten Empfehlungen zur Lehrerbildung und zu den Pädagogischen Hochschulen einen politischen Willen kund. Sukzessive wurde ab 2001 das Kantonale Lehrerseminar durch die HEP-PH FR ersetzt.

2005 wurde die HEP-PH FR von der EDK anerkannt und ist seit 2011 überdies ISO zertifiziert; weiterhin setzt sie sich zugunsten der Qualität der Lehrerinnen- und Lehrerausbildung ein, im Bestreben, den Anforderungen der Gesellschaft gerecht zu werden.

Seit ihrer Gründung hat die HEP-PH FR über 600 Lehrpersonen ausgebildet.